بنابر مشهور در نيمه رجب يا شعبان سال دوم هجرى، رسول گرامى اسلام (ص) به دعوت «امُّ بِشْر» به ميان قبيله بنى سالم در شمال غربى مدينه رفتند، و هنگام نماز ظهر دو ركعت نماز را طبق معمول به سوى بيت المقدّس خواندند. فرمان الهى مبنى بر روگرداندن به سوى كعبه نازل شد، و بقيه نماز را به طرف كعبه گزاردند، و از آن پس كعبه مكرّمه قبله دائمى مسلمانان شد. بدين مناسبت اين مسجد را مسجد قبلتين ناميده اند و چون مسجد قبلتين با تغيير قبله مرتبط است، بايد زمان بناي آن، در دو سال نخست هجري باشد.
يكى از آيات كريمه اى كه به اين مناسبت نازل شد این آيه كريمه می باشد:
قَدْ نَرى تَقَلُّبَ وَجْهِكَ فِي السَّماءِ فَلَنُوَلِّيَنَّكَ قِبْلَةً تَرْضاها فَوَلِّ وَجْهَكَ شَطْرَ الْمَسْجِدِالْحَرامِ وَ حَيْثُ ما كُنْتُمْ فَوَلُّوا وُجُوهَكُمْ شَطْرَهُ ...»؛ نگاه های انتظارآمیز تو را به سوی آسمان (برای تعیین قبله نهایی) می بینیم! اکنون تو را به سوی قبله ای که از آن خشنود باشی، باز می گردانیم. پس روی خود را به سوی مسجد الحرام کن و هر جا باشید، روی خود را به سوی آن بگردانید.
اين مسجد با فاصله کمی در جانب غربى مسجد فتح و در نزديكي چاه معروف اين شهر، بئر رومه واقع شده است. اين مسجد بدان جهت كه در ميان طايفه بنوسلمه بوده، به نام مسجد بني سلمه نيز مشهور است.
هم اکنون نیز مسجد قبلتين در شمال غربي مدينه در فاصله ۵/۳ كيلومتري مسجدالنبي (ص) است و در طول روز، مانند مسجد قبا، در همه ساعات روز باز است؛ زيرا زائران مدينه، از سني و شيعه، ضمن سفر به اين شهر، از اين مسجد نيز ديدن مي كنند و در آن نماز مي گزارند.