طبق نقل هاي موثق، بعد از رحلت پيامبر اكرم (ص) در جريان بيعت با «ابوبكر» و قضيه سقيفه كه علي (ع) و تعدادي از ياران آن حضرت، با ابوبکر به عنوان خلیفه بيعت نكردند و براي مشورت و رايزني در خانه فاطمه (س) جمع بودند، اين خانه بود که چندين بار مورد هجوم افراد خليفه واقع شد و طبق روايات درب خانه را سوزاندند.
ابن عبد ربه (متوفاي 328ه) و بلاذري (متوفاي 276ه) در اين باره می نويسند:
پس از ماجراي سقيقه، عده اي به سوي خانه فاطمه (س) به راه افتادند. در بيرون خانه، عمر فرياد زد: بيرون بيایيد! بيرون بيایيد! و گرنه خانه را با اهلش آتش می زنيم!.
فاطمه (س) پشت درب خانه رفت و در آنجا عمر را ديد كه آتشي در دست دارد. فاطمه (س) فرمود: عمر مگر از خدا نمی ترسي؟ با ما چه کار داری؟
عمر گفت: بايد علي (ع) و بنی هاشم به مسجد آمده و با خليفه بيعت كنند! ابوبكر پيشواي مسلمين است. مردم در سقيفه با او بيعت كرده اند. بنی هاشم هم بايد با او بيعت كنند. اگر بیرون نيايند خانه را با اهلش به آتش می كشم.
فاطمه (س) فرمود: عمر! آيا می خواهي خانه ما را آتش بزني؟ عمر گفت: آري .
قول مشهور آن است كه اين خانه، همان خانه اي بود كه پيامبر (ص) هر صبح دو دست خويش را بر طرفين در می گذاشت و سلام بر اهل بيت می داد و می فرمود: وقت نماز است.
ندامت خلیفه
در بيشتر منابع آمده است كه ابوبكر در روزهاي آخر عمرش از برخورد خود با اهل بيت پيامبر (ص)، اظهار ندامت می كرد و می گفت: «فوددت أني لم أكشف بيت فاطمة عن شئ و إن كانوا قد غلقوه علي الحرب؛ اي كاش به خانه فاطمه كاري نداشتم و آن را نمي گشودم، هر چند عليه من اعلان جنگ می كردند».
می توان به اين گفته (ابن شبه) استناد كرد كه (عبدالعزيز بن عمران) نقل می كند: علي (ع)، فاطمه (س) را شبانه در منزلش دفن كرد و قبرش در كنار باب مسجد است.
همو گويد: فاطمه (س) در خانه اش مدفون شد. خانه اي كه عمر بن عبدالعزيز در دوره حكومتش بر مدينه آن را ضميمه مسجد النبي كرد.
همه اين ها دال بر اين مطلب است كه خانه حضرت، همان خانه اي است كه در كنار مسجد بوده و الان محل دفن حضرت، مخفي است و اقوال مختلفي درباره آن ذكر می شود.
سمهودي می گويد: علي در مدينه دو خانه اتخاذ نمود كه يكي كنار مسجد النبي بود و دري به مسجد داشت و اين همان منزل فاطمه دختر رسول خدا (ص) است كه در آن سكونت داشت و خانه ديگري هم در بقيع داشت.
از اين گفته سمهودي نيز استنباط می شود كه خانه اي كه در كنار مسجد وجود داشت موسوم به خانه فاطمه (س) بود و همانطور كه قبلاً ذكر شد، اكثر روايات می گويند روز بيعت، مخالفان خلافت ابوبكر، به خانه فاطمه (س) پناه بردند و نمی گويند كه به خانه علي (ع) پناه بردند.