یکی دیگر از اجزای مسجد النبی، ستون های این مسجد مبارک است که هر کدام دارای جریان و فضیلتی است.
سقف مسجد بر ستون هايى قرار داشت كه، علاوه بر نگهدارى از سقف، مورد استفاده رسول خدا (ص) و اصحاب نيز بود. از هر ستونى خاطره ويژه اى باقى مانده كه سبب شده است تا جنبه تبرّك و تقدّس به خود گيرد و با گرفتن نام هاى خاص، در تاريخ جاودان بماند.
مهم این بود که هر بار كه مسجد در طول تاریخ، بازسازى می شد، محل اين ستون ها تغييرى نمی كرد، جز اينكه ستون هاى قديمى بازسازی و مرمت شده و جاى خود را به ستون هاى جديد می داد. طبعاً با توسعه مسجد، ستون هاى جديدى نيز اضافه می شد، به طورى كه اكنون نزديك به 2104 ستون در مسجد وجود دارد.
ستون هايى كه در محل قديمى مسجد، در قسمت جنوبى آن قرار داشته، اكنون با رنگ سفيد از بقيه ستون ها متمايز می شود. همان گونه كه اشاره شد، هر يك از اين ستون ها يادگار خاطره ويژه اى است كه درباره برخى از آنها توضيحاتى ارائه می شود