آن حضرت درباره نماز خواندن در مسجد قبا فرمود:
مَنْ تَطَهَّرَ في بَيْتِهِ ثُمَّ أتي مَسْجِدَ قُباء فَصلّي فِيهِ رَكْعَتَيْن كانَ كأجْرِ عُمْرة؛
كسي كه در خانه اش وضو بگيرد، آنگاه به مسجد قبا درآيد و دو ركعت نماز بگزارد، ثواب يك عمره را برده است.
در حديث ديگري هم آمده است:
كانَ النَّبِيُّ (ص) يَأتِي مَسْجِدَ قُباء راكباً وَ ماشِياً فَيُصَلّي فِيهِ رَكْعَتَيْن؛
رسول خدا، گاه پياده و گاه سواره به مسجد قبا مي آمد و دو ركعت نماز در آن مي خواند».
این آيه شريفه نیز در مورد این مسجد نازل شده است:
لَمَسْجِدٌ أُسِّسَ عَلَى التَّقْوى مِنْ أَوَّلِ يَوْمٍ أَحَقُّ أَنْ تَقُومَ فِيهِ، فِيهِ رِجالٌ يُحِبُّونَ أَنْ يَتَطَهَّرُوا وَ اللَّهُ يُحِبُّ الْمُطَّهِّرِينَ (توبه/108)
هرگز در آن (مسجد به عبادت) نایست! آن مسجدی که از روز نخست بر پایه تقوا بنا شده، شایسته تر است که در آن (به عبادت) بایستی؛ در آن، مردانی هستند که دوست می دارند پاکیزه باشند؛ و خداوند پاکیزگان را دوست دارد.
مسجد قبا بارها تجديد بنا و توسعه يافته، زيرا نزد مسلمين اهمّيّت بسزايى داشته، و رسول اكرم (ص) هر هفته روزهاى دوشنبه به قبا تشريف می برده، و در آنجا نماز می گزاردند. از آن حضرت روايت شده كه: هر كس در خانه اش وضو بگيرد و به مسجد قبا رود و دو ركعت نماز بخواند، ثواب يك عُمره را براى او می نويسند. و حضرت امام جعفر صادق (ع) نيز فرمود: هنگام زيارت مَشاهد و مساجد اطراف مدينه، ابتدا به مسجد قبا رفته و در آنجا بسيار نماز بخوان.