منطقه قبا در فاصله شش كيلومتري جنوب مسجد النبي (ص) واقع است و از نقاط خوش آب و هوا و از مناطق زراعي و پرآب اطراف مدينه به شمار می آيد. به همين دليل نخلستان هاي زيادي در قبا وجود داشته و دارد. مردم اين منطقه، كه به نام طايفه بنو عمرو بن عوف شناخته می شدند، به دليل واقع شدن قبا در جنوب شهر مدينه و در واقع سر راه مكه به مدينه، نخستين استقبال كنندگان از مهاجرين و نيز شخص رسول خدا (ص) در وقت هجرت بودند.
لذا حضرت رسول (ص)به هنگام هجرت از مكّه به مدينه، روز دوشنبه دوازدهم ربيع الاوّل، سال اوّل هجرى، وارد قريه قُبا (5 كيلومترى جنوب مدينه) شد، و تا روز جمعه (4 روز) در اين محل توقّف كرد، تا حضرت على (ع) در مكّه امانات مردم را كه نزد حضرت رسول بود به آنان برگردانده، و ساير دستورهاى حضرت را اجرا، و چند تن از زنان كه حضرت فاطمه (س) در ميانشان بود، به حضرتش ملحق شود، از طرفى ديگر مردم مدينه خود را براى ورود حضرت آماده كنند.
در اين توقّف چهار روزه، حضرت رسول (ص) اوّلين مسجد را كه زمين آن را مردم قُبا هديه كردند و حضرت با نوك سرنيزه خود حدود آن را روى زمين مشخّص كرد، با كمك مسلمانان بنا نمود. گفته اند كه هر ضلع آن 66 ذراع بوده است. بر اساس تاریخ، در ابتدای احداث، تنها ديواري از سنگ هاي حرّه بر گرد آن مسجد كشيده شد و تا زمان توسعه وليد بن عبد الملك، مسجد سقف نداشت و اگر هم داشت، از همان شاخه هاي خرما بود. لذا مسجد قبا اولين مسجدي است كه توسط پيامبر (ص) بنا گرديد.
در ساختن اين مسجد پيامبر اكرم (ص) مانند ديگر مسلمانان شركت داشت، و سنگ و گِل حمل می نمود، و دوشادوش ديگران كار می كرد، و در جواب آنان كه از حضرت می خواستند كه گوشه اى بنشيند و فقط فرمان دهد می فرمود:
«قَدْ أَفْلَحَ مَنْ يَعْمُرُ الْمَساجِد يَقْرَأُ الْقُرآنَ قائِماً وَقاعِداً؛ هر كه مسجد بپا كند و در همه حال قرآن بخواند، رستگار است».
آن حضرت در اين چند روز ميهمان كلثوم بن هِدْم بود و در منزل سعد بن خَيْثمه با مردم نماز مي خواند. سعد در جنگ بدر و پدرش در جنگ احد به شهادت رسيدند. در حال حاضر، محل اين دو خانه، در سمت قبله مسجد قبا (جنوب غربي)، سمت راست محراب واقع است.